林木遗传育种学科为林学二级学科，具有硕士和博士学位授予权。主要以亚热带重要森林植物（湿地松、油茶、樟树、华木莲，毛红椿、百合、石蒜等）为研究对象，利用遗传与变异规律为特定目标选育和繁殖林木或园林植物良种，为提高森林生产力和维护生物多样性，对森林进行遗传管理。

本学科10位教师均为博士，其中5位均有国外留学背景，近五年来，承担国家科技支撑计划子课题、国家自然科学基金、中央财政林业推广项目等各类项目20余项； 获国家科技进步二等奖1项、省自然科学奖一等奖1项、省部科技进步二、三等奖6项；在国内外重要核心刊物上发表论文200余篇，近3年发表SCI 10余篇。依托江西省森林培育重点实验室、江西特色林木资源培育与利用2011协同创新中心、江西农业大学亚热带森林植物重点实验室、江西农业大学花卉盆实训基地等平台开展研究，设有林木良种选育与培育研究实验室、林木遗传与分子生物学研究实验室、林木系统发育生物学研究实验室、林木生理测定实验室、植物营养和土壤养分测定实验室等，为人才培养提供良好平台。

本学科已形成了林木遗传改良、森林植物种质创新、园林植物遗传育种等3个主要研究方向，构建了亚热带重要植物的遗传改良技术体系，培养了德才兼备的林木遗传育种学科方向专门人才。近三年获省优秀博士论文1篇、优秀硕士论文1篇。